Zanikająca gwiazda decyduje się na zażycie narkotyku dostępnego na czarnym rynku – substancji replikującej komórki, która tymczasowo pozwala jej stać się młodszą, lepszą wersją siebie.
Osiem lat temu Cytadela, niezależna agencja szpiegowska, została zniszczona przez nowy syndykat, Mantykorę. Po wymazaniu pamięci, elitarni agenci Mason Kane i Nadia Sinh ledwo uszli z życiem. Osiem lat później były współpracownik Masona, Bernard Orlick, prosi go, by pomógł mu powstrzymać Mantykorę przed stworzeniem nowego porządku świata.
„Suzume” to opowieść o dojrzewaniu 17-letniej głównej bohaterki. Animacja rozgrywa się w różnych dotkniętych katastrofą miejscach w całej Japonii. Podróż Suzume rozpoczyna się w spokojnym miasteczku w Kyushu (południowo-zachodnia Japonia), kiedy spotyka chłopaka, który szuka tajemniczych drzwi. Suzume znajduje je zniszczone pośród ruin, jakby były osłonięte przed jakąkolwiek katastrofą. Suzume zdaje się być przyciągana przez ich moc i sięga aby je otworzyć… Drzwi zaczynają otwierać kolejne drzwi w całej Japonii, siejąc zniszczenie. Suzume musi zamknąć te portale, aby zapobiec dalszej katastrofie.
Aspirująca pisarka Margo Millet zachodzi w ciążę, przez co musi rzucić studia i stawić czoła problemom finansowym. Kiedy jednak w jej życiu zjawia się jej ojciec, były zawodowy zapaśnik, z którym nie miała kontaktu, Margo odkrywa zaskakujący sposób na spieniężenie swojego talentu do opowiadania historii.
Po buncie Chara powstaniu przeciw Federacji Ziemskiej przewodzi Hathaway Noa, ale spotkanie z oficerem wrogiej armii i tajemniczą dziewczyną wszystko zmienia.