Cate udaje się przetrwać atak Godzilli na San Francisco, po czym przeżywa kolejny wstrząs, gdy odkrywa szokujący sekret. Stawiając czoła potwornym zagrożeniom, wyrusza w pełną przygód podróż, aby poznać prawdę o swojej rodzinie i tajemniczej organizacji zwanej Monarch.
Grupa zwierząt buntuje się przeciwko swoim ludzkim panom i przejmuje kontrolę nad farmą. Po zakończeniu buntu stają przed nowymi wyzwaniami pod rządami przebiegłej świni o imieniu Napoleon. Ta sytuacja zmusza ich do znalezienia odwagi, by przeciwstawić się Napoleonowi.
Poznaj historię Optimusa Prime'a i Megatrona, lepiej znanych jako zaprzysięgli wrogowie. Kiedyś byli jednak przyjaciółmi związanymi jak bracia, którzy na zawsze zmienili los Cybertronu.